日本2018-2020年猪瘟病毒流行 期间的基因组变异
2021-09-27
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虽然RNA病毒具有广泛的序列多样性，但为确保维持病毒生命周期的蛋白质功能，突变率必须是有限的。本文比较了2018-2020年分离自日本的150株猪瘟病毒(CSFV)的全基因组序列。为评估CSFV基因组的多样性，消除对病毒传播产生负面影响的突变，以共享单核苷酸变异(SNVs)和共享单氨基酸变异(SAVs)作为评估对象。12个蛋白质编码区的比较表明，多功能非结构蛋白NS3中SNVs和SAVs的百分比最低，在另一种非结构蛋白NS4A中未检测到SAVs。这表明负选择抑制了病毒传播过程中NS3和NS4A蛋白序列的变化。相比之下，仅在编码分泌蛋白Erns和非结构蛋白NS2的基因中检测到共享SNV之间的非同义替换，这表明流行期间存在正选择。将共享SAV映射到Erns 的三维结构显示共享SAV不存在于底物结合位点中，而是定位于蛋白质的外围区域。以上数据可作为开发病毒基因的诊断方法、重组疫苗和抗病毒药物的数据支持。
